Il devient coureur professionnel l'année suivante dans l'équipe Lampre-Daikin. Il obtient plusieurs places d'honneur en contre-la-montre durant cette saison : troisième place d'étape durant le Tour de Belgique (et quatrième place au classement général), sixième place d'étape du Tour des Pays-Bas, et quatrième place du championnat d'Italie de la discipline. En fin de saison, le champion d'Italie Dario Frigo ayant décidé de ne pas participer aux championnats du monde, Quinziato y est sélectionné pour disputer le contre-la-montre, avec Filippo Pozzato. Il en prend la 18e place[3],[4]. En 2003, il participe au Tour d'Italie, son premier grand tour, et est vice-champion d'Italie du contre-la-montre. En 2004, il est troisième de la Japan Cup, septième du championnat d'Italie du contre-la-montre, huitième du Tour du Piémont, neuvième du Tour de Belgique et sixième du Grand Prix Eddy Merckx. En fin d'été, il participe au Tour d'Espagne.
En 2006, il est recruté par l'équipe Liquigas. Dans cette équipe, il roule au service de Filippo Pozzato, notamment lors des classiques[5]. Il obtient également de bons résultats personnels lors des courses flandriennes durant cette période : 4e du Grand Prix E3 en 2007, 2e des Trois Jours de La Panne en 2008. Cette année-là, il parvient également à prendre la 13e place de Paris-Roubaix[6]. Durant le Tour de France, il fait partie lors de la 13e étape de l'échappée de cinq coureurs qui arrive avec près de 30 minutes d'avance sur le peloton et permet à l'Espagnol Óscar Pereiro d'être le vainqueur surprise de ce Tour[7],[8]. En 2009, lorsque Pozzato quitte la Liquigas pour l'équipe russe Katusha, Manuele Quinziato devient leader pour les classiques flandriennes. Lors du Tour des Flandres, il effectue une partie de la course en tête, en compagnie de Sylvain Chavanel. À 20 km de l'arrivée, ils sont rejoints par Stijn Devolder, coéquipier de Chavanel chez Quick Step, qui part ensuite seul vers la victoire dans le mur de Grammont. Rattrapé par le peloton, Quinziato finit 32e[9]. Durant la semaine qui suit, il prend la neuvième place de Gand-Wevelgem et la huitième de Paris-Roubaix[10],[n 1].
À la fin de la saison 2017, il met un terme à sa carrière sportive. À l'origine, le contre-la-montre par équipes des championnats du monde sur route devrait être sa dernière course. Cependant, Quinziato a finalement décidé de laisser sa place dans l'équipe à Tejay van Garderen en raison du parcours difficile : « Jeudi, j'ai reconnu le parcours pour la première fois et il est très dur. J'ai réalisé qu'il ne me convenait pas. Tejay van Garderen est la première réserve et je sais qu'il fera une meilleure course que moi »[17].
Vie privée
En , Quinziato termine avec succès ses études de droit à l'Université de Trente, alors qu'il est encore cycliste professionnel[18]. Il crée sa société d'agents de coureurs en 2018 : Dharma Sport Management.
