Après le lycée, Manfred Walther travaille comme électricien et entreprend des études de droit. Il rejoint la CDU-Est en 1968 et siège dans plusieurs parlements régionaux. Lors du processus de réunification, il est secrétaire d'État à la Justice dans le cabinet de Maizière, et du à la fin de la RDA, ministre de la Justice par intérim. Il siège dans l’assemblée du Lang de Brandebourg entre 1990 et 1994, élu sur une liste régionale ; il y est vice-président du Parlement.
Il s'installe par la suite comme avocat et notaire à Berlin, où il possède son propre cabinet. Il est corédacteur en chef du journal Neue Justiz.