Chaque courriel est conservé dans un fichier séparé sur le serveur. Chaque répertoire Maildir contient en pratique 3 sous-répertoires : tmp, new et cur. Le processus qui récupère les courriels les place dans le répertoire tmp, le nom du fichier est généré automatiquement de manière à être unique. Une fois le message complètement reçu par le serveur de courriel (MTA), il est déplacé, par un système de link/unlink dans le répertoire new. Au passage du client de messagerie qui parcourt le répertoire new, il est à nouveau déplacé et est mis dans le répertoire cur.
Le message n'a toujours pas été lu.