Il naît dans une famille d’origine italienne, installée en France depuis un siècle. Élève de l’École royale et militaire de Sorèze, il intègre ensuite l’École royale du génie de Mézières. Officier du génie, il va de garnisons en garnisons jusqu’à ce qu’il reprenne l’administration du domaine familial en 1786. Il est capitaine en avril 1791. Nommé en 1792 officier d’artillerie à l’armée du Rhin, il refuse seul, après la journée du 10 août, de reconnaître la déchéance de Louis XVI : il est alors suspendu de ses fonctions et subit une détention de quatorze mois.
Réintégré sur recommandation de Sieyès dans l’armée en avril 1795 comme chef de bataillon et sous-directeur des fortifications à l’armée de Sambre-et-Meuse, sous les ordres de Jean-Baptiste Kléber puis de François Séverin Marceau, il reçoit un boulet de canon dans la jambe gauche le au passage de la Nahe ; après une longue période d’alitement, il perdra sa jambe.
Maximilien Caffarelli, qui a tenu un rôle primordial dans la préparation de l’expédition, va donner en Égypte toute la mesure de son talent : améliorer la protection du Caire, faciliter la liaison entre Alexandrie et le Nil, participer à la création de l’Institut d’Égypte[1].
On le voit à l’action à la prise de Malte et d’Alexandrie, il fortifie Le Caire. Le , près de Salheyeh, il charge sabre au clair, combat au corps à corps. Sa témérité lui vaut une sévère semonce du général en chef. Il est encore à la prise de Jaffa, au siège de Saint-Jean-d'Acre, où il perd son bras droit et meurt le des suites de ses blessures.
Ses activités militaires ne l’ont pas empêché de prendre une part active aux travaux scientifiques de l’expédition d’Égypte. Napoléon Bonaparte avait une estime particulière pour lui et disait : « Caffarelli, au moins, n’est pas un idéologue », ajoutant que « c’était un homme de bien, brave soldat, fidèle aussi, bon citoyen ».
Le nom de Caffarelli est donné à une rue bordant l'Orne dans la ville de Caen.
À noter que la principale porte d’accès de la base navale de Brest porte le nom de Caffarelli en hommage à son frère Marie François Auguste de Caffarelli du Falga, officier de marine et premier préfet maritime de Brest.
↑« Les soldats de l’armée d’Égypte, dans leurs accès de mauvaise humeur, en voulaient beaucoup au général Caffarelli, qu’ils croyaient un des auteurs de l’expédition. À Saint-Jean-d’Acre, le général en chef perd Caffarelli qu’il aimait beaucoup, et dont il faisait le plus grand cas. » (Le Mémorial de Sainte-Hélène, 1.1.).