Il fait la campagne de Vendée. Les troupes républicaines lui doivent leur salut à la première bataille de Fontenay-le-Comte. À la seconde, elles sont au contraire mises en déroute, malgré la résistance des chasseurs de la Gironde, des volontaires de l'Hérault et de Toulouse, et les efforts de sept représentants du peuple qui excitent le courage des soldats. Beaufranchet contribue, avec le général Nouvion et quelques gendarmes, à arrêter dans cette journée la poursuite de l'ennemi.
Le 18 brumaire an VII (), il est nommé membre du conseil d'administration des hôpitaux militaires puis devient Inspecteur Général des Haras en 1806. Dans l'intervalle, le 9 thermidor an XI (), il a été nommé par le Sénat conservateur député du Puy-de-Dôme au Corps législatif du au .
Plusieurs auteurs ont fait de lui un fils illégitime de Louis XV, affirmation improbable car sa mère et le roi étaient au moment de sa naissance séparés depuis deux ans. Une enfant est bien née des amours de Louis XV et de sa maîtresse Marie-Louise O'Murphy, une fille, née le à Paris, prénommée Agathe Louise de Saint André (morte à l'âge de 20 ans).
Louise Charlotte de Beaufranchet d'Ayat, née onze mois plus tard le ,
Louis Charles Antoine de Beaufranchet d'Ayat qui naît deux ans plus tard le .
il épouse en premières noces Anne Marie Elisabeth Guyot de Montgrand, dont il divorce pendant la Révolution.
Le cinq frimaire an IV, Louis Charles Antoine de Beaufranchet se remarie à Soisy sous Etiolles avec Charlotte Joséphine Kempfen, veuve de Georges Ernest de Sayn-Wittgenstein, décédé en . Elle est née à Strasbourg le de Jean-Baptiste Kempfen et Anne Marie Françoise Bruno.
De son premier mariage est issue une fille :
Anne Pauline Victoire Laure de Beaufranchet d'Ayat, morte à Clermont-Ferrand le , mariée avec le baron Denis Terreyre, maréchal de camp, commandeur de la Légion d'honneur, né à Clermont le , mort à Clermont le [2].
