Le Liverpool Fútbol Club est fondé le par un groupe d'étudiants du Colegio de los Padres Capuchinos, le nom serait venu après un cours de géographie sur l'Angleterre. Dès ses débuts le club joue en bleu et noir, plus tard la tenue extérieure devient le rouge en hommage au Liverpool FC.
En 1919, le club est promu pour la première fois en première division et y restera jusqu'en 1929. Il retrouvera le plus haut niveau du pays en 1937, et sera sauvé lors des barrages de la relégation, le club restera en première division jusqu'en 1963. Il fera son retour en Primera Liga en 1967, puis fera quelques aller-retour entre la 2e et la 1re division.
En 2015, le club revient en première division puis connaîtra ses premiers grands succès, un titre lors du tournoi intermédiaire en 2019, une Supercoupe en 2020, puis un titre lors du tournoi de clôture 2020.
En 2023, le club remporte son premier titre de champion d'Uruguay.