La prise de possession de Mayotte par le capitaine Pierre Passot s'effectue officiellement le en application d'un traité conclu le avec le sultan Andriantsoly.
L'île dépend initialement de l'autorité du commandant supérieur de Nosy Be en vertu d'une ordonnance du qui place Mayotte et Sainte-Marie de Madagascar sous sa direction.
La fonction de commandant supérieur de Mayotte et ses dépendances est instituée en 1844 lorsque l'île est détachée de l'établissement de Nosy Be.
Elle perd son autonomie pour être placée sous l'autorité du gouverneur de La Réunion en 1878.
La colonie de Mayotte et dépendances devient une entité administrative de plein droit dirigée par un gouverneur de plein exercice en 1886. Son premier gouverneur entre en fonction en 1887.
Un décret du supprime le gouvernement de Mayotte. La colonie est dès lors dirigée par des administrateurs supérieurs subordonnés au gouverneur de La Réunion.
À partir de 1908, les administrateurs supérieurs de Mayotte changent de tutelle. Ils dépendent désormais de l'autorité hiérarchique du Gouverneur général de Madagascar. Mayotte est incorporée à l'entité des Comores à compter du .
Le territoire des Comores devient le un territoire d'outre-mer (TOM) administrativement détaché de Madagascar.
Commandants supérieurs de Mayotte et ses dépendances (1844-1878)
Date d'entrée en fonction
Titulaire
(date de nomination)
Paul-Charles-Alexandre-Léonard Rang[1], capitaine de corvette, commandant supérieur de Nosy Be
Charles-Louis-Adolphe Thiébault, capitaine d'infanterie de Marine, commandant supérieur de Nosy Be par intérim
Auguste-Noël Lebrun, chef de bataillon d'infanterie de Marine, commandant supérieur de Mayotte par intérim
Pierre Passot, chef de bataillon d'infanterie de Marine, commandant supérieur puis commissaire de la République
Stanislas-Fortunat Livet, chef de bataillon du génie
