Lionel Mapoe commence sa carrière professionnelle en 2008 avec la province des Free State Cheetahs en Vodacom Cup, puis, l'année suivante, il fait également ses débuts en Currie Cup avec cette même équipe.
Il ne reste cependant qu'une saison avec la franchise de Bloemfontein avant de rejoindre les Lions en 2011, après un transfert avorté vers les Sharks[6],[7].
En 2013, quand les Lions perdent leur place en Super Rugby au profit des Southern Kings, il est prêté une saison aux Bulls pour qu'il puisse continuer à jouer au plus haut niveau[8].
Il rejoint en 2015 le club japonais des Kubota Spears qui évolue en Top League, tout en continuant à jouer avec les Lions[9]. Il joue trois saisons avec ce club, avant de focaliser à nouveau pleinement sur les Lions en 2018[10]. Il fait également son retour avec les Golden Lions en 2018[11].
En 2019, après six saisons aux Lions, il rejoint le Stade français en Top 14 pour un contrat de deux saisons[12]. Au terme d'une première saison plutôt décevante, et après l'éviction de son compatriote Heyneke Meyer du poste d'entraîneur, il est libéré de son contrat et quitte le club[13].
Peu après son départ du Stade français, il décide de rejoindre le Stade niçois dans le nouveau championnat professionnel de troisième division, la Nationale[14],[15].
En , il fait son retour en Afrique du Sud, et rejoint la province des Blue Bulls en Currie Cup, entraînée par Jake White[16],[17].
Il a été appelé pour la première fois en équipe nationale à XV en avril 2011 dans la liste provisoire de 51 joueurs dans le cadre de la préparation à la coupe du monde 2011[20]. Il ne sera cependant pas retenu par la suite et n'est rappelé que quatre années plus tard, en 2015, pour disputer le Rugby Championship[21].