1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 11 août 2019
Le , il devient entraîneur adjoint de Charlton Athletic, en League One (D3). Il est nommé entraineur principal de l'équipe en .
Lors de sa première saison complète à la tête du club, il parvient à faire monter son club en Championship.
Après avoir terminé troisièmes de la phase classique du championnat, Bowyer et ses hommes éliminent le club de Doncaster en demi-finale avant de s'imposer 2-1 dans les derniers instants face à Sunderland lors de la finale des playoffs.
Cette performance permet à Charlton Athletic de retrouver l'antichambre de la Premier League pour la première fois depuis 2016.