Junior Agogo a participé à la Coupe d'Afrique des nations 2008 avec le Ghana, dont il est une des révélations, inscrivant notamment le but vainqueur en quart de finale contre le Nigeria.
Le , il s'exile en Égypte en signant au Zamalek[5]. Sa saison en Égypte est pleine de controverses et de rebondissements, si bien qu'il est sanctionné par la fédération égyptienne, pour des gestes obscènes envers le public, et par son club, pour des absences à l'entraînement[6]. Il quitte Zamalek au bout d'une saison en engageant un procès contre le club, qui ne lui aurait pas payé l'intégralité de son salaire[6].
Au mercato d'été 2009, il signe au club chypriote de l'Apollon Limassol.
Le , Junior Agogo remporte son procès contre le club de Zamalek, qui est condamné par la FIFA à lui payer la somme de 1,2 million d'euros[7]. Le , le club égyptien réagit en annonçant qu'il fait appel de cette décision devant le Tribunal arbitral du sport[8].