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Le , Topinka annonce qu'elle ne se représente pas comme trésorière de l'état préférant être candidate à l'investiture républicaine pour le poste de gouverneur. Le , Topinka remporte l'investiture de son parti avec seulement 37 % des voix. Mais Topinka est finalement battue lors de l'élection générale, par le gouverneur démocrate sortant Rod Blagojevich.
Le , avec un peu plus de 59 % des voix, Judy Baar Topinka remporte l'investiture républicaine pour le poste de contrôleur de l'Illinois. Le , Topinka est élue contrôleur de l'Illinois.