Installé à New York dans l'Upper East Side puis à Paris dans le Marais, il est le concepteur de l'intérieur de plusieurs résidences privées, bâtiments publics et clubs privés en Amérique, en Europe et au Moyen-Orient. Il est un représentant du style classique.
Il propose alors au musée national des Beaux-Arts de Santiago du Chili une exposition sur les meubles, les textiles, les tapis et les céramiques ; lorsque la directrice, également amie de la famille, lui demande quels designers il aimerait voir présenter, il répond " moi ", ce qu'elle accepte devant l'audace du jeune homme.
Il se marie au milieu des années 1970 avec Pilar Valdivieso et part en 1976 pour Buenos Aires. Après avoir travaillé en Argentine et effectué plusieurs travaux aux États-Unis, il déménage et s'installe à New York en 1982[1].
Ayant également étudié à Paris à l'École nationale supérieure des beaux-arts et à l'École du Louvre, il délaisse le style minimaliste — inspiré, dans le domaine architectural et décoratif, par Walter Gropius, Le Corbusier ou encore Mies van der Rohe —, en vogue durant le XXe siècle (« on aurait dit que l'architecture était née au XXe siècle » déclare-t-il) pour se tourner vers le maximaliste, s'inspirant des architectes et des décorateurs de l'Ancien Régime français (notamment Jules Hardouin-Mansart et Ange-Jacques Gabriel) ou des références anglaises, asiatiques ou antiques, ce goût du luxe plaisant à sa clientèle russe et moyen-orientale. Bertrand du Vignaud, ancien président du World Monuments Fund estime ainsi qu'« à travers le passé, Juan Pablo Molyneux propose une interprétation du présent. Il ne demande pas à ses clients à se transformer en Marie-Antoinette, il leur propose de vivre dans un monde tout à fait actuel mais enrichi de tout ce qui l'a précédé. Sa démarche n'a rien à voir avec celle d'un conservateur de musée qui doit tout garder en l'état sans changer quoi que ce soit »[1].
À Paris, il a proposé l'idée originale d'édifier une réplique de l'ancien palais des Tuileries, figurée sur toile et montée sur échafaudage au même endroit, ce à quoi un ministre[Lequel ?] lui a répondu qu'il était inenvisageable de réinstaurer un symbole de la monarchie[1].
Il a été fait Chevalier dans l'Ordre des Arts et des Lettres par le Ministre français de la Culture et de la Communication, Monsieur Renaud Donnedieu de Vabres, le 1er décembre 2004.
Deux ouvrages ont été édités sur les réalisations de Juan Pablo Molyneux :
Molyneux, Rizzoli 1997.
Juan Pablo Molyneux at home - Juan Pablo Molyneux en ses demeures, Assouline 2016.