Joundallah prend les armes à partir de 2005, contestant notamment le régime du velayat-e faqhi qui fonde la maîtrise des chiites sur les institutions politiques en Iran[1]. Contrairement aux mouvements baloutches du Pakistan, le Joundallah, qui se fait appeler « Mouvement de Résistance populaire d'Iran », nie toute aspiration séparatiste et se réclame comme pan-iranien, militant en faveur d'un régime fédéral et de l'égalité des droits avec les chiites[1]. Situé principalement dans la province iranienne du Sistan-et-Baloutchistan, il serait lié au trafic d'opium provenant d'Afghanistan ainsi qu'à la contrebande d'essence[1]. Joundallah revendique être composé de 1 000 combattants[2], mais serait formé d'entre 200 et 700 hommes[1], et s'est attaqué à l'armée iranienne, à laquelle il vole ses armes[1].
Les liens entre les deux mouvements nommés Jundullah (pakistanais et iranien) sont inconnus et incertains ; certaines sources non gouvernementales soutiennent cependant que les deux groupes auraient prêté allégeance à Al-Qaïda[3] ; l'Iran prétend que le mouvement iranien est à la fois inféodé à Al-Qaïda et soutenu par la CIA.
Il a revendiqué au printemps 2009 son premier attentat-suicide, visant une mosquée chiite[1], suivi le d'un deuxième attentat-suicide à Zahedan (capitale du Sistan-et-Baloutchistan), lors d'une conférence sur « l'unité entre chiites et sunnites »[1], qui a fait au moins 41 morts, dont plusieurs hauts commandants des Gardiens de la Révolution[4]. Téhéran annonça alors son intention de demander au Pakistan l'extradition de son chef Abdolmalek Righi[5]. Le groupe s'était déjà attaqué, en 2007, aux Gardiens de la révolution, en utilisant des camions piégés[6]. En , treize membres présumés du Joundallah ont été exécutés en réaction à l'attentat contre la mosquée[1].
L'Iran déclara avoir capturé Abdolmalek Righi le [7] et assura qu'il avait été financé par les États-Unis. Quelques mois plus tard, après la pendaison de Righi le , le groupe revendiqua un double attentat-suicide, commis le par Abdulbasit et Mohammad Righi et visant les Gardiens de la Révolution à Zahedan. Il aurait fait au moins 27 morts et plus de 250 blessés dans une mosquée chiite[8]. La chef de la diplomatie européenneCatherine Ashton s'est dite « choquée » et a fortement condamné ces attentats [9], le Canada et les États-Unis condamnant également les attentats[10],[11]. L'ayatollah Ali Khamenei, guide suprême de l'Iran, déclara quant à lui que ces attentats avaient été perpétrés par des « wahhabites sournois et fanatiques avec le soutien (…) de services d'espionnage étrangers » [12]. Joundallah revendiqua ensuite un attentat ayant tué, selon un bilan officiel, trente-quatre personnes et blessé 83 autres d'une procession religieuse chiite près de la mosquée de l'imam Hussein dans la ville de Tchabahar[13].
