Josep Pons naît le à Puig-reig[1]. Il reçoit sa première formation musicale à l'Escolania de Montserrat puis étudie la composition avec Josep Soler i Sardà et la direction d'orchestre avec Antoni Ros-Marbà à Barcelone[1]. La tradition séculaire et l'étude intense à la fois de la polyphonie et de la musique contemporaine dans ce centre ont marqué son développement ultérieur tant sur le plan musical que sur le plan intellectuel.
En 1992, Josep Pons est chargé de la direction musicale des cérémonies des Jeux Olympiques de Barcelone. En 1994, il est nommé directeur de l'Orchestre de la Ville de Grenade, charge qu'il exerce jusqu'en 2004[1]. En 2003, il devient directeur musical de l'Orchestre national d'Espagne, où David Afkham lui succède en 2014. En 2012, il prend la direction musicale du Liceo de Barcelone[1]. En 2017, il est renouvelé à ce poste jusqu'à la saison 2021-2022[2]. En juillet 2021, une nouvelle prolongation du contrat s'effectue jusqu'à la saison 2025-2026. En janvier 2024, la Deutsche Radio Philharmonie Saarbrücken Kaiserslautern annonce la nomination de Pons en tant que son prochain chef d'orchestre principal, avec effet à partir de la saison 2025-2026.
Pons a dirigé plus de 50 enregistrements commerciaux pour des labels tels que Harmonia Mundi et Deutsche Grammophon, qui comprennent des enregistrements de Falla et du répertoire français considérés comme des interprétations de référence et ayant remporté de nombreux prix. Son enregistrement de Noches en los jardines de España avec Javier Perianes a remporté un Choc de la Musique, Melancolía avec Patricia Petibon a reçu un Gramophone Editor's Choice, et sa collaboration avec Tomatito lui a valu un Latin Grammy. Ses enregistrements de la Symphonie de Berio et des 10 Frühe Lieder de Mahler/Berio avec l'Orchestre symphonique de la BBC et Matthias Goerne ont remporté le BBC Music Award, le Choc de la Musique, les ECHO Klassik Awards et les Télérama Ffff Awards. Sa dernière sortie chez Harmonia Mundi est l'enregistrement en direct de l'Opéra de Granados, Goyescas, avec l'Orchestre symphonique de la BBC.