Le chapitre général des prêtres du Sacré-Cœur réuni dans la maison généralice de Rome l'élit en à la tête de la congrégation, comme successeur de l'ArgentinVirginio Bressanelli. En , il est réélu pour un second mandat[1]. À la Pentecôte 2015, c'est un Allemand qui est élu, le père Heiner Wilmer[2].
Le , José Ornelas est mis en cause dans des affaires d'abus sexuels de prêtres portugais, datant de 2011 et 2014, au sein de l'Église catholique portugaise[4].
Ces affaires concernent des prêtres au Mozambique et un prêtre au Portugal alors qu'il était supérieur des Prêtres du Sacré-Cœur de Jésus, ordre qui gérait l'orphelinat où les abus auraient eu lieu.
À l'époque des faits, un professeur avait reçu les confidences d'un élève du "Centro Polivalente Leão Dehon", à Gurué, sur les abus commis sur les enfants de l'orphelinat dirigé par le prêtre Luciano Cominotti. L'enseignant a alors informé José Ornelas qui lui a répondu que ce n'était pas de son ressort mais de celui du diocèse.
En 2022, ce même enseignant porte plainte contre Ornelas pour inaction. La plainte est envoyée au président de la République, Marcelo Rebelo de Sousa, qui l'a transmise au procureur général de la République[5].
José Ornelas affirme alors ne pas avoir connaissance de cette plainte. Il déclare n'avoir rien à se reprocher mais indique que « ces types de cas sont traités différemment maintenant »[6],[7].
Le 8 octobre, il est à nouveau impliqué dans le cas d'un prêtre de Fafe, accusé et écarté par l'épiscopat en 2015[8].
