Il a débuté dans le Super 12 en 2001. Il a disputé onze matchs de Super 12 en 2004 et dix en 2005.
Entraîneur
Jono Gibbes devient entraîneur en 2008. Il occupe le poste d'entraîneur des avants du Leinster, il est successivement l'adjoint des entraîneurs Michael Cheika, Joe Schmidt puis Matt O'Connor.
Il quitte le Leinster à l'été 2014 pour devenir entraîneur des avants de l'ASM Clermont Auvergne auprès de Franck Azéma, promu entraîneur en chef[2]. Le , l'ASM Clermont Auvergne annonce qu'il quittera le club la saison suivante pour devenir l'entraîneur en chef de l'Ulster[3]. Il y reste une seule saison et décide de rentrer au pays pour entraîner la province de Waikato en 2018[4].
Le , le Stade rochelais annonce que Jono Gibbes est nommé directeur sportif pour les quatre prochaines années[5].
En avril 2021, Gibbes est nommé entraîneur en chef de l'ASM Clermont Auvergne. Il succède à Franck Azéma, en poste depuis 2014. Son contrat court de la saison 2021-2022 à la saison 2023-2024[6]. Il est démis de ses fonctions en en raison des mauvais résultats du club[7].