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Jonay Hernández est convoqué pour la première fois en sélection le lors d'un match amical contre le Nigeria (défaite 1-0).
Il dispute une seule Copa América en 2004. Lors de la Copa América, il joue trois matchs. Il dispute également 16 matchs comptant pour les tours préliminaires de la coupe du monde lors des éditions 2006 et 2010[2].
Au total il compte 29 sélections en équipe du Venezuela entre 2003 et 2008.