Après une formation d'animateur de deux ans à CalArts, John Musker est engagé aux studios Disney en 1977[1]. Pour son premier travail, il est assistant animateur pour Le Petit Âne de Bethléem (1978), un moyen-métrage d'animation réalisé par Don Bluth. Il devient ensuite animateur pour Rox et Rouky (1981), l'occasion pour lui de rencontrer Ron Clements.
John Musker est néanmoins de retour en pour réaliser — toujours avec Ron Clements, réembauché lui aussi quelques mois plus tôt — La Princesse et la Grenouille (2009) qui marque un retour à une animation en 2D. Le film suivant du duo est sorti en 2016 : Vaiana : La Légende du bout du monde.