À sa naissance en 1469, il est en seconde position dans la ligne de succession de la maison d'Albret. Son arrière-grand-père Charles II d'Albret est alors régnant. Son grand-père Jean Ier d'Albret vient de mourir en 1468 et son père Alain d'Albret est l’héritier désigné. En 1471, à la mort de Charles II, Alain devient sire d'Albret et Jean, vicomte de Tartas.
Sa mère Françoise de Châtillon est comtesse de Périgord et vicomtesse de Limoges depuis 1455. Jean d'Albret est donc aussi héritier de ces domaines qui lui reviennent à la mort de sa mère en 1481. Mais étant encore enfant, c'est son père qui se charge du gouvernement.
Territoire navarrais occupé par la Castille depuis 1463
Territoires non-navarrais de la Maison de Foix
Territoires de la Maison d'Albret
Son père Alain d'Albret obtient pour lui la main de la jeune reine de Navarre, Catherine de Foix-Navarre. Le mariage a lieu le à Orthez. Il devient alors roi sous le nom de Jean III de Navarre et règne avec son épouse sur l'ensemble des territoires qu'elle possède: royaume de Navarre mais aussi Béarn, comtés de Foix et de Bigorre, vicomtés de Marsan, de Gabardan, de Castelbon.
Il perd en 1512 le sud de la Navarre envahie par Ferdinand II d'Aragon qui revendique ces terres au nom de Germaine de Foix sa seconde épouse. Il tente en vain de récupérer ce territoire en 1512 et 1516. Il meurt au retour de cette dernière campagne.
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