Jean Gagnon est né le à Lauzon (aujourd'hui Lévis) au Québec. Il fut ordonné prêtre le pour l'archidiocèse de Québec. Le , il fut nommé évêque auxiliaire de l'archidiocèse de Québec par le pape Jean-Paul II ; par la même occasion, il fut nommé évêque titulaire de Lamdia(de). Il fut consacré évêque le . Le , il fut nommé évêque du diocèse de Gaspé[2]. En 2016, ayant atteint 75 ans, l'âge de la retraite obligatoire pour un évêque, il quitte ses fonctions[3], remplacé alors par Gaétan Proulx[4], né en 1947[5].