Jean-Marc Gounon est le fils de Jean-Louis Gounon, vice-champion d'Europe de course en côte et concessionnaire Fiat[1]. Après des débuts en karting, Gounon rejoint la Formule Renault en 1985 avec l'écurie Orion[1]. Vice-champion de France en 1986 et 1987 avec l'écurie Martini, il s'aligne ensuite en Formule 3 et termine quatrième place du championnat 1988 avec une Dallara[1].
En 1989, il remporte le championnat de France de Formule 3 à bord d'une Reynard-Alfa préparée par Oreca[1]. Il dispute ensuite trois saisons de Formule 3000. En 1991, il remporte le Grand Prix de Pau avec une Ralt-Cosworth de l'écurie 3001 International et se classe sixième du championnat[1]. C'est également son classement final en 1992 où Gounon se signale en remportant la dernière course la saison, à Magny-Cours, avec une Lola-Cosworth de l'écurie DAMS[1].
Gounon est alors recruté par l'écurie de Formule 1 March-Ilmor. Si l'écurie est bien présente à Kyalami, première manche de la saison 1993, les monoplaces n'arrivent jamais car le motoriste Ilmor n'est pas payé et fait bloquer ses containers par des huissiers[2]. Sans voiture, Gounon déclare forfait pour le Grand Prix puis son écurie renonce à participer aux épreuves de la saison 1993. Il obtient tout de même sa chance en Formule 1 en fin de saison lorsque la Scuderia Minardi-Ford se sépare de Christian Fittipaldi et l'appelle pour le remplacer lors du Grand Prix du Japon[1]. Qualifié en 24e et dernière position, il abandonne au vingt-sixième tour. En manque de forme, il abandonne également au Grand Prix suivant, en Australie[1]. Non conservé par Minardi à l'issue de la saison, il s'engage en Supertourisme avec une BMW en 1994[1].
Cette même année, il effectue son retour en Formule 1, recruté par l'écurie Simtek-Ford pour sept courses à partir du Grand Prix de France où il obtient son meilleur résultat en Formule 1 avec une neuvième place[1]. En fin de saison, il aurait pu conduire une Arrows-Ford mais le projet échoue pour des raisons financières[réf. nécessaire].
Après deux saisons incomplètes en Formule 1, il s'engage en Endurance, d'abord dans la série BPR avec une Ferrari F40 puis en FIA-GT pilotant de nombreuses voitures : McLaren F1 GTR, Mercedes CLK, Ferrari 550, Saleen S7R[1]. Il s'aligne également dans la catégorie Prototypes avec Lola-Judd puis BMW, Ferrari, Audi/Oreca, Courage et Epsilon Euskadi[1].
En 1997, il obtient son meilleur résultat aux 24 Heures du Mans avec une deuxième place au classement général et la première de la catégorie GT1[1].
Il est maintenant présent, entre autres, dans les courses de véhicules historiques.
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