Hogendijk a contribué à l'étude des mathématiques grecques et des mathématiques dans l'Islam médiéval ; il fournit une liste de sources sur son site web (ci-dessous).
En 2012, il a reçu le premier prix Otto Neugebauer pour l'histoire des mathématiques, décerné par la Société mathématique européenne, « pour avoir illuminé comment les mathématiques grecques ont été absorbées dans le monde arabe médiéval, la façon dont les mathématiques se sont développées dans l'Islam médiéval, et comment elles ont finalement été transmises à l'Europe[2]. »
En 1994 il est conférencier invité au congrès international des mathématiciens à Zürich, avec une conférence intitulée « Mathematics in medieval islamic Spain ».
(en) Jan Hogendijk, « Observations on the icosahedron in Euclid's Elements », Historia Mathematica, vol. 14, no 2, , p. 175–177.
(en) Jan Hogendijk, « Sharaf al-Din al-Tusi on the number of positive roots of cubic equations », Historia Mathematica, vol. 16, no 1, , p. 69–85.
(en) Jan Hogendijk, « Desargues’ Brouillon project and the Conics of Apollonius », Centaurus, vol. 34, no 1, , p. 1–43.
(en) Jan Hogendijk, « B.L. van der Waerden's detective work in ancient and medieval mathematical astronomy », Nieuw Archief voor Wiskunde, vol. Vierde Serie 12, no 3, , p. 145–58.
(en) Jan Hogendijk, « Mathematics in medieval Islamic Spain », Proceedings of the International Congress of Mathematicians, , p. 1568–80.
(en) Jan Hogendijk, « The Introduction to Geometry by Qusta ibn Luqa: translation and commentary », Suhayl, no 8, , p. 163–221.
