Il est par ailleurs marié avec l'égyptologue Aleida Assmann. Le couple a cinq enfants, publie régulièrement ensemble et obtient en 2017 le Prix Balzan pour les études sur la mémoire collective.
Un article du journal en ligne Welt annonce son décès dans la nuit du 18 au 19 février 2024[1].
À partir de 1967, Jan Assmann dirige des fouilles archéologiques à Thèbes (sur des tombes officielles de la période saïte et de l'époque ramesside). Il est l'auteur de nombreux ouvrages et articles sur la religion, l'histoire, la littérature et l'art égyptiens. Il a également publié des études comparatives sur la théorie culturelle (Das kulturelle Gedächtnis) et la religion (Monotheismus und Kosmotheismus).
Jan Assmann est membre de l'académie de Heidelberg, de l'Institut allemand d'archéologie, de l'Institut historique d'anthropologie, de la Société d'exploration de l'Égypte et de la Société française d'égyptologie. Il est aussi membre de divers comités d'experts, parmi lesquels ceux de l'Institut des études culturelles de Essen, de l'Institut de recherche de la Communauté universitaire protestante, et du Centre d'études culturelles de Stuttgart.