Membre de la troupe Dublin's Abbey Players, il était connu pour ses interprétations des œuvres de Samuel Beckett.
Il joua le rôle majeur du « professeur Abronsius », le chasseur de vampires, dans le film parodique Le Bal des vampires de Roman Polanski.
Durant son séjour à New York lors du tournage de L'Exorciste (The Exorcist), MacGowran mourut de complications à la suite d'une épidémie virale de grippe. Jack MacGowran est le père de l'actrice Tara MacGowran.