Jönsson reste jusqu'en 1995 à Rögle, puis signe au Färjestads BK, autre club d'Elitserien, avec qui il devient champion de Suède en 1997 et 1998. En 1997, il gagne également le Guldpucken, remis annuellement au meilleur joueur de la saison en Suède.
En 1998, il remporte avec l'équipe nationale le championnat du monde en Suisse et à l'été 1999, il signe avec les Islanders de New York de la LNH puis est transféré aux Mighty Ducks d'Anaheim en . À l'automne 2000, il retourne en Suède avec Färjestad, qui remporte le championnat en 2002.
En 2006, Jörgen Jönsson remporte une deuxième médaille d'or olympique à Turin ainsi que le championnat du monde à Riga et un nouveau titre de champion de Suède, un triplé historique qu'aucun joueur n'avait réussi jusque-là. Il a disputé 285 matchs (52 buts) pour l'équipe nationale, ce qui représente le record suédois des sélections dont il était généralement le capitaine, et avec qui il a participé quatre fois aux Jeux olympiques et douze fois aux championnats du monde.
Lors des 12 championnats du monde, il joua 108 matchs et marqua 26 buts.
Lors des 4 Jeux Olympiques, il disputa 22 matchs et marqua 1 but.