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La famille d'Ivan Yarkovsky est originaire de Pologne. Son père prend part à l'insurrection de novembre 1830. Déchu de son titre, il émigre en Russie où il meurt en 1847. La mère d'Ivan Yarkovsky s'établit alors à Moscou où elle exerce le métier de gouvernante. Ivan Yarkovsky est scolarisé dans une école paroissiale. À la mort de sa mère, il entre dans un établissement militaire accueillant des orphelins. Il sert dans l'artillerie mais ne peut intégrer l'académie technique militaire[1]. Il entre à l'Institut technologique d'Etat de Saint-Pétersbourg(en) (alors Institut pratique de technologie) en 1868 et obtient le titre d'ingénieur civil en 1872[2].
