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Iosu Goñi a commencé sa carrière professionnelle au CB Ademar León à partir de 2009. En 2013, il est contraint de quitter le club de León en raison de ses problèmes économiques et est prêté pour la fin de la saison dans le club qatarien d'Al-Qiyada SC.
À l'intersaison, laissé libre par l'Ademar León, endetté et désireux de diminuer sa masse salariale, il signe pour le club français du Pays d'Aix Université Club handball[2]. Pourtant, le président s'oppose finalement à le voir partir libre avant que la fédération ibérique ne tranche en faveur du club français.