L'Institut Cochin est un centre de recherches biomédicales rattaché à l'INSERM, au CNRS et à Université Paris-Cité. Il est situé dans le 14e arrondissement de Paris sur le campus de l'hôpital Cochin–Port-Royal. Florence Niedergang en est la directrice depuis 2022[1].
Historique
L'hôpital et l'institut doivent leur nom au curé Jean-Denis Cochin (1726-1783)[2], qui fonda en 1782 un hospice destiné aux indigents et ouvriers du faubourg Saint-Jacques, devenu par la suite l'hôpital Cochin. Avec la création des centres hospitalo-universitaires en 1958, un centre de recherche fondamentale et clinique est adjoint à l'hôpital Cochin couplé aux bâtiments locaux de la faculté de médecine de Paris.
En 1967, sous l'impulsion de Georges Schapira[3] et de certains médecins-chercheurs biochimistes de son équipe, Jean-Claude Dreyfus[4] et Jacques Kruh, est créé l'Institut de Pathologie Moléculaire, dont l'objectif est d'aborder les maladies génétiques humaines par une approche originale, car alors encore balbutiante, la biologie moléculaire. Cet institut se développe progressivement au sein de l'actuelle faculté de médecine de l'université Paris Descartes, grâce à de nombreuses personnalités issues de cette formation, telles que Jean Rosa[5], Dominique Labie[6], Jean-Claude Kaplan, Axel Kahn[7] ou encore Jacques Hanoune[8] et Jacques Jami. En 1984, Axel Kahn prendra la direction de l'unité INSERM intitulée Génétique et pathologie moléculaires[9]. En parallèle s'est également développé sur le site de l'hôpital Cochin, depuis les années 1970, un laboratoire orienté vers la rétrovirologie murine, dirigé par Jean-Paul Lévy[10], qui développait des approches immunologiques et d'oncogenèse-leucémogenèse. Dans les années 1990, cette unité fut scindée en deux formations dirigées respectivement par Sylvie Gisselbrecht et Jean-Gérard Guillet[11].
En 1990, l'arrivée sur le campus de nouvelles unités de recherches dirigées par Donny Strosberg, Françoise Russo-Marie[12] et Pascale Briand a fait naître l'idée d'un regroupement des unités de recherche présentes sur le site en un institut unique, fonctionnant sur un mode fédératif. Ainsi, est né l'institut Cochin de Génétique Moléculaire (ICGM) à l'initiative d'Axel Kahn et de Jean-Paul Lévy[13]. D'autres formations viendront par la suite enrichir l'ICGM, en particulier le laboratoire CNRS de Jean Girard ouvrant les thématiques déjà développées au métabolisme et les unités INSERM de Richard Benarous et de Paul-Henri Roméo[14].
L'Institut Cochin est officiellement créé au [13]. Il est issu de la fusion, au sein d'une même structure de recherches, de l'ensemble des laboratoires présents dans l'ICGM. Il constitue alors le premier Centre de Recherches en France dont les trois tutelles sont l'INSERM, le CNRS et Université Paris-Cité.
Organisation de l'Institut Cochin
L'Institut Cochin.
L'institut regroupe en 2020 38 équipes de recherche et neuf plateformes technologiques qui regroupent environ 650 personnes dont près de 100 chercheurs, enseignants-chercheurs et 70 hospitalo-universitaires, 200 ingénieurs, techniciens et administratifs, 110 doctorants, 60 étudiants en Master et des stagiaires de courte durée. 55 personnels techniques sont spécifiquement affectés aux plateformes[15]. Plus de 300 publications annuelles référencées sont produites par les membres de l'Institut Cochin, dont 12-15% dans les journaux internationaux à IF élevé (>10). Entre autres, l'IF moyen de publication est en progression, et a été évalué par une instance indépendante à 6,2 en 2009[16].
Directeurs
Jean-Paul Lévy (1990-2001), directeur de l'ICGM
Axel Kahn (2002-2007), directeur de l'Institut Cochin
Pierre-Olivier Couraud (2008- 2021), directeur de l'Institut Cochin
Florence Niedergang (2022 - ), directrice de l'Institut Cochin
Départements de recherche et plateformes techniques
L'Institut Cochin compte trois départements scientifiques et un département technologique, développant des activités de recherches fondamentales en lien, pour certaines, avec les activités cliniques de l'hôpital Cochin.
Département endocrinologie, métabolisme, diabète (EMD)
Les principaux axes de recherche du département Endocrinologie, Métabolisme et Diabète portent sur les réponses physiologiques aux signaux nutritionnels, hormonaux et sur la fonction des récepteurs hormonaux membranaires impliqués dans ces réponses. Ainsi, le diabète[17],[18](diabète de type 1 et diabète de type 2), l'obésité, les tumeurs endocrines de la surrénale et de la thyroïde, sont-ils au cœur des préoccupations des équipes de recherches de ce département, en lien avec les services de diabétologie et d'endocrinologie de l'hôpital Cochin.
Département développement, reproduction, cancer (DRC)
Les centres d'intérêt du Département développement, reproduction et cancer convergent sur l'étude des mécanismes cellulaires et moléculaires contrôlant la prolifération, la différenciation et le destin cellulaire, au cours du développement. La régulation génétique et épigénétique, l'étude des cellules souches, les conséquences tissulaires du stress oxydant et de l'inflammation font également l'objet d'études spécifiques. Les cancers du sang, du foie, de l'intestin[19], certaines maladies neurologiques et musculaires ainsi que les pathologies de la reproduction et de la grossesse sont les principales maladies ciblées par ce département, en lien avec les services correspondants d'hématologie, de cancérologie et de la maternité du groupe hospitalier Cochin[20].
Département infection, immunité, inflammation (3I)
Les équipes du département Infection, Immunité et Inflammation étudient au niveau moléculaire les interactions entre certains agents infectieux viraux, parasitaires ou bactériens (virus du SIDA, plasmodium, streptocoque, méningocoque, shigella…) et leurs hôtes cellulaires. Les réponses immunitaires innées et adaptatives sont un des centres d'intérêt de ce département, de même que la physiopathologie des maladies infectieuses associées : SIDA[21], paludisme[22],[23], infections bactériennes du nourrisson et de l'adulte[24],[25], maladies auto-immunes et dérégulations immunitaires lors de cancers[26],[27].
Les équipes de l'Institut Cochin sont activement impliquées dans différents programmes d'investissement d'avenir : laboratoires d'excellence (Labex Who Am I[28], GRex[29], Parafrap[30], Revive[31], Ibeid[32], Inflamex[33]), les départements hospitalo-universitaires (DHU Risques et grossesse[34] et Maladies autoimmunes et hormonales) ou le site de recherches intégrées sur le cancer (SIRIC[35]), dont l'objectif est l'identification de biomarqueurs génétiques ou épigénétiques et la recherche de progrès diagnostiques, pronostiques et thérapeutiques.
Plateformes technologiques
Les équipes de recherche de l'institut Cochin bénéficient de l'activité de nombreuses plateformes technologiques dont la plupart des prestations sont ouvertes aux équipes extérieures à l'Institut, qu'elles soient publiques ou privées. Depuis 2008, toutes les plateformes sont certifiées ISO9001 par l'afaq[36].
Cytométrie et immunobiologie ; cette plateforme met à disposition des utilisateurs des analyseurs et trieurs de cellules par cytométrie de flux, et développe de nombreux tests d'immunologie-cellulaire ;
Génomique, consacrée à l'étude du génome et du transcriptome, cette plateforme utilise essentiellement la PCR en temps réel et les puces à ADN, et a récemment mis en place le séquençage à très haut débit de nouvelle génération en partenariat avec le service de génétique de l'hôpital Cochin ;
Histologie et microdissection laser ; cette plateforme offre de multiples prestations liées à l'analyse histologique de tissus humains et murins ;
Deux plateformes d'imagerie cellulaire photonique et électronique permettant l'analyse par imagerie de fluorescence (microscopie confocale ou bi-photonique) ou par microscopie électronique en transmission de cellules en culture et de tissus sains ou pathologiques, infectés ou non par les agents pathogènes étudiés ;
Protéomique, plateforme labellisée par l'Université de Paris (plateforme Protéomique 3P5[37]), elle propose divers types d'analyse de complexes protéiques par spectrométrie de masse ainsi que l'analyse différentielle de cellules ou tissus par électrophorèse bidimensionnelle ;
Recombinaison homologue, transfert d'embryons et cryoconservation ; l'objectif de cette plateforme est la création de modèles murins de maladies humaines par ingénierie génétique (invalidation génique ou réexpression génique). Elle assure également la congélation des lignées de souris produites et leur reviviscence par transfert d'embryons.
Plateau technique de biomécanique de la cellule[38].
Plateforme d'analyse métabolique des petits animaux[39].
Activité de formation et de vulgarisation
En dehors de son activité principale de recherche fondamentale et biomédicale, l'institut Cochin a vocation de formation par la recherche. Il accueille en effet environ 70 chercheurs non statutaires de toutes nationalités et 110 doctorants, ainsi qu'une soixantaine d'étudiants en Master. Ces jeunes chercheurs sont regroupés au sein de l'association JeCCo[40] (« Jeunes chercheurs de Cochin ») qui organise régulièrement des manifestations scientifiques[41], des rencontres professionnelles[42] et des réunions d'échanges avec des associations de jeunes chercheurs sur d'autres sites.
Enfin, l'institut Cochin participe également à différentes initiatives de formation et d'information du public, en accueillant en particulier des collégiens et lycéens des arrondissements voisins dans le cadre de l'action "Apprentis chercheurs" soutenue par l'association Arbre des Connaissances[43]. En partenariat avec des associations de malades ou des fondations caritatives, comme Vaincre la mucoviscidose ou le Sidaction, des visites de l'institut sont organisées pour des donateurs ou des patients et leurs familles[44],[45]. L'institut participe activement à la Fête de la Science depuis 2014.
