L’histoire de l’Idaho durant la guerre de Sécession est atypique.
Au début de la guerre de Sécession, l'actuel Idaho faisait partie du Territoire de Washington. Le , le Territoire de l'Idaho fut créé, et était alors constitué de l'actuel Idaho, du Montana, et de tout le sud-ouest du Wyoming. Bien que situé loin des zones de conflits, le territoire abritait des sympathisants confédérés dans sa partie est, dans l'actuel Montana. Par conséquent, en 1863 Sidney Edgerton partit pour discuter de la situation avec le président Abraham Lincoln ; ce fut l'une des raisons qui conduisit à la séparation du Territoire du Montana du Territoire de l'Idaho. La séparation conduisit aussi au rattachement d'une partie des terres du territoire de l'Idaho (qui correspondent à l'actuel Wyoming) au Territoire du Dakota[1].
Les soldats qui servaient en Idaho ne se sont pas battus contre la Confédération, mais surveillaient le trafic le long de la Piste de l'Oregon et protégeaient les voies de communication entre l'ouest et l'est des États-Unis. Fort Boise, sur le site de la future capitale de l'Idaho, fut construit durant cette période à cause d'attaques qui visaient les voyageurs sur la piste.
Il y avait des pro-sudistes dans le territoire. La plupart étant originellement allés en Californie, mais qui sont ensuite venu en Idaho pour trouver de l'or[5].
Après la guerre, l'Idaho attira beaucoup de vétérans de l'Armée de l'Union, dont plusieurs gouverneurs. Le dernier vétéran de la guerre de Sécession à mourir en Idaho fut Israel Broadsword en 1952[6].
