Henri II règne conjointement sur la principauté d'Anhalt avec ses deux frères comme corégent de leur père à partir de 1244. Après la mort d'Henri Ier en 1252, l'Anhalt est partagé entre les trois frères, conformément aux règles successorales de la maison d'Ascanie. Henri reçoit le cœur du domaine familial avec Aschersleben, Hecklingen, Ermsleben et Wörbzig.
Par sa mère, Henri est apparenté aux landgraves de Thuringe. Lorsque la guerre de Succession de Thuringe éclate, en 1247, il apporte son soutien à son beau-frère Albert de Brunswick-Lunebourg en échange de la promesse de fiefs en Thuringe. Il est défait et capturé lors d'un combat près de Beesenstedt en 1263. Relâché peu après, il repart en guerre contre la Thuringe. En 1265, il est une nouvelle fois capturé et obligé à renoncer à toutes ses prétentions sur des domaines en Thuringe.
À sa mort, ses deux fils encore mineurs sont placés sous la garde de sa veuve Mathilde qui assume la régence de la principauté jusqu'en 1270, quand ils atteignent l'âge adulte. Peu après, Mathilde prend le voile et devient abbesse de Gernrode pour une vingtaine d'années de 1275 à 1296. Elle meurt le ou le , peut-être à Gernrode.
Anthony Stokvis, Manuel d'histoire, de généalogie et de chronologie de tous les États du globe, depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours, préf. H. F. Wijnman, éditions BrillLeyde 1890-1893, réédition 1966, volume III, chapitre VIII « Généalogie de la Maison d'Anhalt, I » et tableau généalogique n°126.