La commission s'installa à l'hôtel Petersberg près de Bonn et cessa ses fonctions, suivant les termes des conventions Bonn-Paris le 5 mai 1955.
Le statut d'occupation définissait les prérogatives des Alliés occidentaux vis-à-vis du gouvernement allemand et préservait le droit d'intervenir dans les domaines militaires, économiques ou de politique étrangère. Ces droits furent révisés par l'accord de Petersberg, signé plusieurs semaines plus tard.
Avec la création de la République fédérale et l'institution de la Haute commission, les postes de gouverneurs militaires furent supprimés. À leur place, les trois Alliés occidentaux nommèrent chacun un Haut Commissaire siégeant à la Haute commission.
Elle prend fin à la ratification des Accords de Paris en , qui réinstaure la RFA dans sa souveraineté totale.
