Après la restauration de Meiji, Gotō est nommé à différents postes gouvernementaux, tels que gouverneur d'Osaka et sangi (conseiller), mais quitte le gouvernement de Meiji en 1873 à cause des décisions prises lors du Seikanron sur la question coréenne et, plus généralement, en opposition à la domination Chōshū-Satsuma sur le nouveau gouvernement. Avec Itagaki Taisuke, il propose l'établissement d'un parlement populaire élu. En 1874, toujours avec Itagaki Taisuke, en plus d'Etō Shimpei et Soejima Taneomi de la province de Hizen, il fonde l'Aikoku kōtō (« parti public des patriotes »), en déclarant : « Nous, les trente millions de personnes au Japon, sommes toutes dotées de certains droits, comme ceux d'apprécier et de défendre la vie et la liberté, d'acheter et de posséder une propriété, d'obtenir un travail et de prétendre le bonheur. Ces droits sont innés et appartiennent à tous les hommes, et ne peuvent être retirés par le pouvoir d'un autre homme. » Cette position anti-gouvernementale trouve écho chez les anciens samouraïs, l'aristocratie rurale (qui doit verser de très forts impôts) et les paysans (mécontents des prix élevés et des bas salaires).
En 1881, il revient à la politique et aide Itagaki Taisuke à fonder le parti libéral du Japon qui développe le mouvement de coalition Daidō danketsu en 1887.
