En 1696, il fait ses débuts comme compositeur d'opéras dans sa ville natale avec le scherzo giocoso « Gl'inganni amorosi scoperti in villa. »
À partir de ce moment jusqu'à son décès, survenu prématurément à 35 ans, il met en scène diverses œuvres théâtrales, en privilégiant celles de caractère sérieux. À partir de 1702, il est compositeur honoraire du duc de Mantoue et maître de chapelle de l' Accademia dello Spirito Santo de Ferrare. Il meurt noyé dans un canal de Bologne alors qu'il se préparait pour aller à Venise.
Stylistiquement Aldrovandini appartient à l'école bolonaise vocale et instrumentale de la fin du XVIIe siècle. Ses opéras, surtout dramatiques, sont représentés dans toute l'Italie; il a aussi composé trois opéras bouffes qui ont eu une certaine importance pour le développement de ce genre. Il est très estimé comme professeur de chant, au point que le prince Ferdinand de Médicis demande à ses propres chanteurs d'aller étudier auprès du compositeur bolonais.