Le chemin de fer avait été souhaité, dès 1858, par la population de Condé-sur-Noireau pour permettre le désenclavement de cette ville et pour accompagner le développement industriel qu'elle connaissait à l'époque. C'est ainsi que la gare de Condé-sur-Noireau a ouvert ses portes en 1868. Cinq ans plus tard (le ), on ouvrait la ligne de Condé-sur-Noireau à Caen via Berjou, ce qui permettait la liaison Caen-Flers. En 1875, quatre trains y circulaient quotidiennement.
Un grave accident eut lieu en 1910 en gare de Condé-sur-Noireau à la suite de la collision de deux trains de marchandises. Cet accident coûta la vie à un cheminot. Le trafic marchandises y était très actif. En 1921, pour la foire de la Saint Gilles, la gare de Condé-sur-Noireau eut ainsi à expédier 125 wagons de chevaux et 20 wagons de bêtes à cornes.
En , la gare fut très sévèrement bombardée (ainsi que la ville). Elle fut partiellement reconstruite après la libération.
C'est en 1970 que le service voyageur fut supprimé. La dernière rotation des autorails Picasso se produisit le . Quant aux trains de marchandises, ils circulèrent encore jusqu'en . La gare attend des jours meilleurs avec une lueur d'espoir due au débat régional mené dans les années 2000 pour réouverture de la ligne au service TER et à une exploitation touristique. Finalement, le , le Conseil Régional de Basse-Normandie a pris la décision de sauvegarder la ligne.
Bâtiment voyageurs
L'ancien bâtiment voyageurs de la gare est du style « standard Ouest 1re Classe ». Dans son architecture initiale, la gare comportait deux ailes. Celles-ci n’ont pas été conservées lors de la reconstruction.
