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Classification LPSN
Domaine	Bacteria
Phylum	Pseudomonadota

Les Gammaproteobacteria sont une classe de bactéries de l'embranchement (ou phylum) des Pseudomonadota (anciennement Proteobacteria)^[1]. Avec environ 250 genres c'est la plus grande des classes de Procaryotes. C'est aussi l'une des plus étudiées car elle comporte de nombreux genres d'intérêt médical, écologique et scientifique.

Description

La classe Gammaproteobacteria a été définie en 2005 dans le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Elle comprend de plusieurs ordres bactériens parmi les plus connus tels que les Enterobacterales, les Legionellales, les Pseudomonales et les Vibrionales impliquées dans la santé humaine. Cette classe regroupe des bactéries très ubiquitaires dont certaines ont été retrouvés jusque dans les nuages, pluies et brouillards^[2]^,^[3].

Les exemples suivants illustrent la diversité, l'ubiquité mais aussi l'importance médicale des Gammaproteobacteria :

l'espèce Suttonella ornithocola (ord. Cardiobacteriales) est un pathogène aviaire qui cause des pneumonies chez certaines mésanges ;
l'ordre des Chromatiales rassemble près de dix familles de bactéries pourpres sulfureuses qui réalisent la photosynthèse sans produire de dioxygène ;
l'ordre des Enterobacterales comprend la plupart des bacilles Gram négatifs responsables d'infections humaines telles que la typhoïde (Salmonella enterica subsp. enterica Typhi) ou la peste (Yersinia pestis), ainsi que plusieurs genres phytopathogènes ;
l'ordre des Legionellales contient des bactéries telles que l'agent de la légionellose (Legionella pneumophila) ou celui de la fièvre Q (Coxiella burnetii) dont le cycle de vie passe par le parasitisme d'une cellule eucaryote ;
l'ordre des Oceanospirillales comporte plusieurs genres de bactéries extrêmophiles halophiles, c'est-à-dire adaptées à des concentrations très élevées en sel dans leur environnement ;
l'ordre des Pasteurellales contient d'autres genres pathogènes pour l'être humain, Pasteurella et Haemophilus ;
l'espèce Pseudomonas aeruginosa (ord. Pseudomonadales) est un pathogène nosocomial qui pose de graves problèmes de résistance aux antibiotiques ;
l'ordre des Thiotrichales comporte au moins deux espèces remarquables : Thiomargarita namibiensis, dont la longueur pouvant atteindre 750 µm est un record dans le monde bactérien, et Thiolava veneris qui est une extrêmophile capable de coloniser les champs de lave sous-marins peu de temps après leur refroidissement ;
l'ordre des « Vibrionales » (en attente de publication valide) abrite l'espèce Vibrio cholerae qui cause le choléra, mais aussi Photobacterium phosphoreum qui colonise les organes luminescents des poissons et cause leur bioluminescence.

Taxonomie

Décrites en 2005, les Gammaproteobactéria ont connu de nombreuses modifications au cours des années. En 2013, les Acidithiobacillales ont été déplacées de cette vers une nouvelle classe créée pour les contenir, Acidithiobacillia^[4].

En novembre 2022, les Gammaproteobacteria comprennent neuf classes dont sept ayant un nom correctement validés par l'ICSP, une nécessitant un changement de nom et une autre publiée de manière invalide^[5].

Liste d'ordres

Ordres validement publiés

Selon la LPSN (6 novembre 2022)^[5] :

Acidiferrobacterales Kojima et al. 2015
Aeromonadales Martin-Carnahan & Joseph 2005
Alteromonadales Bowman & McMeekin 2005
Arenicellales Teramoto et al. 2015
Cardiobacteriales Garrity et al. 2005
Cellvibrionales Spring et al. 2015
Chromatiales Imhoff 2005
Enterobacterales Adeolu et al. 2016
Immundisolibacterales Corteselli et al. 2017
Legionellales Garrity et al. 2005
Lysobacterales Christensen & Cook 1978
Methylococcales Bowman 2005
Nevskiales Naushad et al. 2015
Oceanospirillales Garrity et al. 2005
Orbales Kwong & Moran 2013
Pasteurellales Garrity et al. 2005
Pseudomonadales Orla-Jensen 1921
Thiotrichales Garrity et al. 2005

Ordres reclassés (synonymes)

Selon la LPSN (6 novembre 2022)^[5] les ordres suivants ont été reclassés :

Acidithiobacillales Garrity et al. 2005 : reclassé sous le même nom dans la classe des Acidithiobacillia
Xanthomonadales Saddler & Bradbury 2005 : reclassé en Lysobacterales

Ordres en attente de publication valide

Selon la LPSN (6 novembre 2022)^[5] (Ca. signifie Candidatus) :

« Ca. Comchoanobacterales » Needham et al. 2022
« Ca. Tethybacterales » Taylor et al. 2021
« Vibrionales » Garrity & Holt 2001

Non classés dans un ordre

Parmi les non-classifiées^[6], Azoamicus ciliaticola est un endosymbiote de ciliés, caractérisé par sa capacité à réaliser une dénitrification à l’intérieur de son hôte, en milieux aqueux dépourvu d'oxygène.

Références

↑ (en) George M. Garrity, Julia A. Bell et Timothy G. Lilburn, « Class III. Gammaproteobacteria class. nov. », dans D. J. Brenner, N. R. Krieg, J. T. Staley, G. M. Garrity, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : The Proteobacteria, part B (The gammaproteobacteria), New York, Springer, 2005, 2^e éd., XXVIII-1106 p. (ISBN 978-0387-24144-9, BNF 39993051), p. 1.
↑ Delort A.M & Parazols M (2007) Des microorganismes dans les nuages? In Les Mercredis de la Science., mars 2017
↑ Delort, A. M., Vaïtilingom, M., Amato, P., Sancelme, M., Parazols, M., Mailhot, G., ... & Deguillaume, L. (2010). A short overview of the microbial population in clouds: Potential roles in atmospheric chemistry and nucleation processes. Atmospheric Research, 98(2-4), 249-260.
↑ (en) Kelly P Williams et Donovan P Kelly, « Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 63, n^o 8,‎ août 2013, p. 2901-2906 (PMID 23334881, DOI 10.1099/ijs.0.049270-0)
↑ ^{a b c et d} List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 6 novembre 2022
↑ (en) « Candidatus Azoamicus ciliaticola », sur NCBI taxonomy database (consulté le 13 juin 2021)