Franciotti delle Rovere est élu évêque de Lucques en 1503. Il est créé cardinal par le pape Jules II lors du consistoire du . Sa création est publiée le . Il est nommé administrateur du métropolitain Bénévent en 1504, administrateur de Crémone et vice-chancelier de la Sainte-Église en 1505. Della Rovere est aussi légat à Bologne et à Rome, administrateur de Vicence et abbé commendataire de Nonatola et de S. Benigno de Fruttaria. Il est un protecteur des artistes et des intellectuels et un bon ami du cardinal Giovanni de' Medici, le futur pape Léon X.