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Le club fait parler de lui lors de la saison 2011 en se hissant en finale du championnat, qu'il perd face au FC Villa Clara (défaite 3-0 sur l'ensemble des deux matchs).
Cinq ans plus tard, il est à nouveau vice-champion derrière le FC Villa Clara, les deux équipes étant à égalité de points, mais le FC Guantánamo ayant obtenu moins de points au niveau des confrontations directes les opposant.