Lequien siège à droite, et vote régulièrement avec la majorité monarchiste dont il ne se sépare que pour se rallier à la politique personnelle de Louis-Napoléon Bonaparte.
Membre de la majorité dynastique, il donne tous ses suffrages au régime impérial; son aptitude spéciale pour les questions de finances le fait nommer plusieurs fois par ses collègues rapporteur ou président de la commission du budget.
En 1860, Lequien est appelé à remplir les fonctions de conseiller maître à la cour des Comptes. Il quitte alors la Chambre et meurt peu de temps après.
