Fille du ministre belge Albert Lilar et de la femme de lettres Suzanne Lilar[2], Françoise Lilar publie à 16 ans sa première œuvre, Poème du dimanche[4]. Elle ne peut publier sous son nom, à 19 ans, un roman lesbien, Le Rempart des Béguines, et choisit alors le pseudonyme de Mallet[5]. En 1950 elle y ajoute Joris pour garder une consonance belge.
Elle se fait connaître avec son roman Le Rempart des Béguines qui évoque une histoire d'amour lesbienne entre une jeune fille et la maîtresse de son père. L'ouvrage est adapté au cinéma en 1972 par le réalisateur Guy Casaril, avec lequel elle travaille au scénario. La suite de ce roman, La Chambre rouge, est adaptée au cinéma par le réalisateur belge Jean-Pierre Berckmans.
Elle a écrit le livret d'un opéra resté inédit, Caryl Chessman, dont la musique est de José Berghmans.
Membre du comité du Prix Femina de 1969 à 1971, elle est élue à l'unanimité en novembre 1971 à l'Académie Goncourt où elle siège jusqu'à la démission qu'elle donne en 2011, pour des raisons de santé[3]. Femme d'influence du monde littéraire, elle s'attire la haine de Jean-Edern Hallier qui affirme avoir commandité un attentat contre son domicile en 1975, commis par Jack Thieuloy[7].
« Françoise Mallet-Joris a eu une grande audience notamment chez les femmes mais pas seulement chez les femmes. Ce n'était pas qu'une romancière pour femmes, contrairement à ce que l'on a pu dire en raison de ses engagements féministes[6],[8]. »
— Pierre Assouline
Vie privée
Françoise Mallet-Joris a été mariée trois fois, avec l'écrivain Robert Amadou, puis avec le sociologue Alain Joxe, enfin avec le peintre Jacques Delfau. Elle a eu quatre enfants, un fils de son premier mariage puis un fils et deux filles de son troisième. Elle a ensuite, de 1970 à 1981, été la compagne de la chanteuse Marie-Paule Belle dont elle était également la parolière : les deux femmes ne faisaient pas mystère de leur relation, ce qui était peu fréquent à l'époque[8],[9].
Ouvrage dans lequel elle dépeint à de nombreuses reprises le poète Paul Coban et qui publie en réponse Au céleste empire.
1961 : Les Personnages, roman, éditions Julliard, réédition J'ai Lu-Flammarion, 1968 et Pocket, 1982
1963 : Lettre à moi-même (essai), éditions Julliard
1965 : Marie Mancini, Le premier amour de Louis XIV, biographie, éd. Julliard, prix Prince-Pierre-de-Monaco. Réédition en 2010, éd. Pygmalion-Flammarion.