Elle mène également une réflexion professionnelle sur les archives[8]. En 2022, elle a fait une incursion monographique dans l'histoire politique et religieuse de la Révolution française, avec une biographie de l'abbé Grégoire.
Publications
Le Bureau de la santé de Marseille sous l'Ancien régime. Le renfermement de la contagion, Marseille, Fédération historique de Provence, 1980.
Les Diocèses de Nice et de Monaco, Paris, Beauchesne, 1984 (dir.).
Les Archives, pourquoi ? comment ? La recherche aujourd'hui dans les archives en France, Paris, Éditions de l'Érudit, 1984.
Notre-Dame-de-la-Garde, Marseille, J. Laffitte, 1985.
Richelieu, une certaine idée de l'État, Paris, Publisud, 1985.
La Vie à Nice au XVIIe siècle, Paris, Publisud, 1988.
Foi chrétienne et milieux maritimes (XVe – XXe siècles), actes du colloque, Paris, Collège de France, 23-, Paris, Publisud, 1989.
Les archives privées. Le traitement des archives personnelles, familiales, associatives, Paris, Christian, 1990.
La Terreur et la pitié. L'Ancien régime à l'épreuve de la peste, Paris, Publisud, 1990.
L'assistance hospitalière en France, Paris, Publisud, 1992 (en collab.).
Le Jansénisme en France aux XVIIe et XVIIIe siècles, Paris, Publisud, 1992.
Le jansénisme : l'histoire et l'héritage, Paris, Desclée de Brouwer, 1992.
Fléaux et société. De la Grande Peste au choléra (XIVe – XIXe siècle), Paris : Hachette supérieur, 1993.
Introduction à l'histoire, Paris, Hachette, 1994.
édition de Richelieu, Testament politique de Richelieu, Paris, Société de l'histoire de France, 1995.
L'histoire religieuse, Paris, Publisud, 1996.
Les archives de France, mémoire de l'histoire, Paris, Honoré Champion, 1997.
Du Siècle d'or au Grand Siècle : l'État en France et en Espagne, XVIe – XVIIe siècle, Flammarion, coll. « Champs. Université : histoire », , 355 p. (ISBN978-2-0808-3017-3).
édition de Richelieu, Traité qui contient la méthode la plus facile et la plus assurée pour convertir ceux qui se sont séparés de l'Église (en collab.), Paris : H. Champion, 2005
Réédition : La double mort du roi Louis XIII, Flammarion, coll. « Champs. Histoire », , 422 p., poche (ISBN978-2-0812-6558-5).
Monsieur Descartes. "La fable de la raison", Paris, Flammarion, 2010.
Françoise Hildesheimer (dir.), Richelieu : de Luçon à La Rochelle (1618-1628). Études réunies à l'occasion du 20e anniversaire de l'association Sur les pas de Richelieu, La Roche-sur-Yon, Éditions du Centre vendéen de recherches historiques, , 394 p. (ISBN978-2-911253-86-7).
(co-auteur) Monique Morgat-Bonnet, Parlement de Paris. Histoire d’un grand corps de l’État monarchique. XIIIe – XVIIIe siècle, Honoré Champion, , 830 p. (ISBN978-2-7453-4812-8)
Richelieu : De Luçon à La Rochelle (1618-1628), Centre Vendéen de Recherches Historiques, , 394 p. (ISBN978-2-9112-5386-7).
Prix des antiquités de la France (Académie des Inscriptions et Belles Lettres) et prix Malesherbes 2019 pour Le Parlement de Paris. Histoire d’un grand corps de l’État monarchique. XIIIe – XVIIIe siècle[10].