François Zahoui est le premier joueur africain à évoluer dans le Calcio. Il compte quatre sélections en équipe de Côte d'Ivoire.
Il prend en main la sélection de la Côte d'Ivoire en 2010 et atteint avec les « Éléphants » la finale de la Coupe d'Afrique des nations en 2012. Il est remplacé en mai 2012 à la tête de la sélection par le Français Sabri Lamouchi. Il est annoncé quelques jours après pour devenir le nouveau sélectionneur de l'équipe du Mali[1] mais son arrivée est ensuite démentie par la fédération[2].
En mai 2015, il est nommé sélectionneur du Niger[3].