Neveu du rugbyman sud-africain Frik du Preez et fils du troisième ligne centre du Northern Transvaal, Fourie du Preez fait ses débuts en Currie Cup en 2001 avec la province des Blue Bulls. En 2003, il fait ses débuts dans le Super 12 avec les Bulls et un an plus tard, il connaît sa première sélection avec l'équipe nationale d'Afrique du Sud le à l’occasion d’un match contre l'équipe d'Irlande. Très rapidement, il s'installe comme titulaire au poste de demi de mêlée au sein des Springboks et s'impose comme l'un des meilleurs joueurs sud-africains de sa génération. En 2006, il est nommé Meilleur joueur sud-africain de l'année. Il reçoit une deuxième fois cette distinction en 2009.
Avec les Springboks, Fourie du Preez remporte les éditions 2004 et 2009 du Tri-nations et surtout, la Coupe du monde de rugby 2007. Lors de cette compétition, il s'illustre en demi-finale contre l'Argentine, en inscrivant un essai de 70 mètres plein d'opportunisme[3]. Brillant lors de la compétition, il récolte de nombreux éloges dont celui de Brian Ashton, entraîneur de l'équipe d'Angleterre qui dit de lui, avant la finale opposant les Springboks au quinze de la Rose : « il est l'un des plus intelligent demis de mêlées actuels »[4]. Plus tôt la même année, il remporte avec les Bulls le Super 14 en s'imposant 20 à 19 face aux Sharks[5], la franchise devenant la première équipe sud-africaine à remporter la compétition. Avec cette édition, Il remporte deux autres éditions du Super 14, en 2009 où les Bulls s'imposent 61 à 17 avec deux essais de du Preez face aux Chiefs[6] et en 2010, victoire 25 à 17 face aux Stormers[7]. Des titres qui s'ajoutent à son palmarès en Currie Cup puisqu'il remporte aussi à trois reprises cette compétition en 2003, 2004 et 2009. En , il est sévèrement blessé à l'épaule et est écarté des terrains pour de nombreux mois. Après la Coupe du monde 2011, il part jouer au Japon avec le club des Suntory Sungoliath[8].
Il met un terme à sa carrière professionnelle en 2016[9].
Par ses qualités, il est souvent comparé à son compatriote légendaire à son poste, Joost van der Westhuizen.