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En octobre 1761, le fort français est remis aux forces britanniques.
Le , pendant la rébellion de Pontiac, Grand-chef de l'union des nations amérindiennes contre les Britanniques, le fort fut capturé par les AmérindiensPotawatomi et la petite garnison anglaise fut exterminée. Après la fin de la rébellion des Amérindiens menés par le chef Pontiac, le fort devint un simple poste de traite.
Durant la guerre d'indépendance des États-Unis, le fort Saint-Joseph fut attaqué par un raid des forces américaines de l'Armée continentale envoyées par Augustin de la Balme depuis Cahokia et commandées par Jean-Baptiste Hamelin et Thomas Brady. Les Loyalistes anglais commandés par le Canadien Guillaume-François Dagneau de Quindre de La Picanier, les rattrapèrent près du Petit Fort dans lequel les membres de ce commando américain avaient pris place. Finalement, si trois d'entre eux purent s'enfuir et quatre autres furent tués lors du combat, les autres durent se rendre aux Loyalistes[2].
En 1781, lieutenant-gouverneur de la Haute-Louisiane, François Cruzat, à la suite de la tentative britannique de prendre le contrôle de la ville de Saint-Louis, lors de la bataille de Saint-Louis, envoya une troupe de quelque 140 soldats espagnols, louisianais et amérindiens sous les ordres du capitaine Eugène Pourré pour capturer le fort Saint-Joseph[3]. Le fort fut pris et pillé sur . Eugène Pourré fit lever le drapeau de l'Espagne et prit le contrôle du fort pour le roi d'Espagne et pour la Louisiane espagnole. Le pouvoir espagnol envoya Eugène Pourré engager des négociations lors des discussions de paix entre les insurgés américains et les Britanniques pour rattacher le territoire autour du fort Saint-Joseph à la Louisiane espagnole. Mais les négociations n'aboutirent point.
À la suite du traité de Londres de 1795, les Britanniques ne revendiquèrent plus le fort Saint-Joseph.