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1996 : fondation du club par fusion du Reipas Lahti (fondé en 1891) et du Kuusysi Lahti (fondé en 1969).
Lors de l'édition 2009-2010 de la Ligue Europa, le FC Lahti accède au premier tour grâce à sa troisième place obtenue dans le Championnat de Finlande. Après avoir battu à deux reprises le club albanais du KS Dinamo Tirana, se qualifiant ainsi pour le tour suivant, le club affronte les slovènes du ND Gorica qu'ils éliminent. Leur épopée se termine face au Club Bruges, club belge de haut niveau contre qui ils manquent de peu de passer.