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Le club possède également 1 équipe évoluant en 2ème ligue ce qui correspond à la 7e division.
Histoire
1894
Le comité de l'Union Chrétienne des Jeunes Gens désigne une commission pour traiter de la question du football à La Chaux-de-Fonds. Cette commission est composée de Paul Pettavel, Charles Nicolet, Charles Huguenin et Arnold Indermuhle. Ce sont ces 4 personnes qui, le , signent l'acte de naissance du FC La Chaux-de-Fonds.
1900
Le FCC est accueilli comme le 13e club de l'Association helvétique.
1904
Durant l'Assemblée générale, le mouvement du football se sépare de l'Union Chrétienne des Jeunes Gens et devient indépendant.
1940
Inauguration du “Parc des sports” de la Charrière.
2009
Le club est rétrogradé en 4e ligue à la suite de problèmes administratifs. Il est finalement repêché en 2e ligue Neuchâteloise.
2013
Le club réussit le doublé Coupe-Championnat, remportant au passage la première Coupe Neuchâteloise de son histoire et le championnat de 2e ligue Neuchâteloise. Dès la saison 2013-2014 le FCC évolue en 2e ligue interrégionale.
2015
Le club est promu en 1er ligue (4ème division).
2016
Le club est à nouveau promu, cette fois en promotion league (3ème division).
2019
À la suite de problèmes financiers et extra-sportifs, le club est relégué en 1er ligue (4ème division).