Lady Flora a été accusée d'avoir eu une liaison avec John Conroy, favori de la mère de la reine Victoria[2]. En 1839, elle ressent des douleurs à l'abdomen. Elle va consulter le médecin de la reine, sir James Clark, mais refuse d'être examinée[1]. Le médecin suspecte que la jeune femme est enceinte et celle-ci doit répondre publiquement de la rumeur[3]. Les examens suivants invalident cette hypothèse, mais diagnostiquent un cancer du foie, des suites duquel elle meurt en juillet.
À la suite de son décès, Conroy et son frère Lord Hastings lancent une campagne de presse contre Clark, la baronne Lehzen, Lady Tavistock et même la reine, les accusant d'avoir diffamé la jeune femme[3]. Conroy est éloigné de la cour (le mariage et la grossesse de Victoria l'année suivante redorent son image après ce scandale).