Il est vice-champion olympique de VTT derrière le Français Miguel Martinez aux JO de Sydney en 2000.
En juin 2004, Filip Meirhaeghe est contrôlé positif à l'EPO, deux jours avant sa victoire lors de la manche de Coupe du monde disputée à Mont-Sainte-Anne, au Québec. Il avoue avoir consommé de l'EPO et annonce dans un premier temps son intention de mettre fin à sa carrière[1]. La commission disciplinaire de la Royale ligue vélocipédique belge prononce à son encontre une suspension de 4 ans dont 15 mois ferme[2].
Il arrête sa carrière le , à l'issue de la manche de Coupe du monde disputée à Houffalize[4]. Il devient le nouveau sélectionneur de l'équipe de Belgique de VTT à partir de 2010[5].
