Après la fin de l'activité surnaturelle dans la ville, SOS Fantômes a fermé et ses membres se sont séparés. Le seul chasseur de fantômes encore en ville est Egon Spengler, qui est resté pour surveiller l'armoire de stockage. Egon passe aussi le reste de son temps à enseigner le paranormal à l'université de New York devant des classes peu peuplées et souvent peu intéressées.
Cependant, les choses commencent rapidement à s'agiter : un esprit nommé « Achira » est libéré lors des travaux de construction d'un tunnel de métro. La créature se met alors à attaquer la ville, tandis que celle-ci est également confrontée à la réapparition de nombreux revenants. Face à cette situation, Egon Spengler n'a d'autre choix que de recruter de nouveaux chasseurs de fantômes parmi ses étudiants et de créer de nouveaux équipements anti-fantômes plus sophistiqués.
La nouvelle équipe inclut Kylie Griffin, une jeune fille gothique surdouée et experte en occulte, Eduardo Rivera, un Latino-Américain cynique, Garrett Miller, un jeune paraplégique pourtant très sportif qui utilise une chaise roulante, et Roland Jackson, un Afro-Américain féru de technologies. Réapparaissent aussi Janine Melnitz, l'ancienne secrétaire de SOS Fantômes qui reprend du service, et Slimer, le petit fantôme vert et glouton qui apparaît généralement dans un cadre comique. Dirigée par Egon Spengler, cette nouvelle équipe entreprend de débarrasser New York des revenants, malgré le scepticisme des autorités vis-à-vis de leur travail.
Dans les deux derniers épisodes de la série, l'équipe d'origine des Ghostbusters (Dr Peter Venkman, Dr Raymond Stantz et Winston Zeddemore) revient à New York pour fêter l'anniversaire d'Egon et ont des frictions avec la nouvelle équipe. Dans le dernier épisode, ils font tous équipe contre un démon venu du Triangle des Bermudes qui menace de détruire New York.
