Enrico Zanoncello commence le cyclisme à l'âge de six ans en ayant pour modèles Mark Cavendish et Elia Viviani, ce dernier étant également originaire d'Isola della Scala[2]. Chez les amateurs italiens, il se fait remarquer en obtenant plusieurs victoires au sprint.
En août 2020, il rejoint l'équipe World Tour Cofidis en tant que stagiaire[3]. Sous les couleurs de la formation nordiste, il participe à Paris-Chauny, où il se classe 18e. Il passe ensuite professionnel en 2021 chez Bardiani-CSF-Faizanè[4],[5].
En novembre 2023, son contrat avec sa formation est prolongé jusqu'en fin d'année 2026[6].