Hrushovski travaille en théorie des modèles et ses applications à la géométrie et la théorie des nombres (« théorie géométrique des modèles ». Avec Boris Zilber, il a introduit les géométries de Zariski. Il a démontré la conjecture de Mordell-Lang pour des corps de fonctions en caractéristique quelconque. Cette conjecture (nommée d'après Serge Lang et Louis Mordell) généralise la conjecture de Mordell et la conjecture de Manin-Mumford et concerne des propriétés de finitude sur l'intersection d'une sous-variété d'une variété semi-abélienne avec un sous-groupe de rang fini[3].
Hrushovski a reçu deux fois le prix Karp, une première fois en 1993 avec Alex Wilkie pour ses contributions sur la théorie géométrique de la stabilité, une deuxième fois en 1998 pour ses travaux sur la conjecture de Mordell-Lang. En 1994, il est lauréat du prix Erdős de l'Union mathématique d’Israël. Il est Gödel Lecturer (2007) et Tarski Lecturer (1996).
Gregory Cherlin et Ehud Hrushovki, Finite structures with few types, Princeton, NJ, Princeton University Press, coll. « Annals of Mathematics Studies » (no 152), , vi+193 (ISBN0-691-11331-9, présentation en ligne)[7].